Pierwszy człowiek pojawił się w tych okolicach w młodszej epoce kamiennej (3500 - 1700 p.n.e.), o czym świadczą narzędzia znalezione w pobliskiej Pisarzowej. Odkryto tam także urnowe cmentarzyska z początków epoki żelaza (1200 - 400 p.n.e.), oraz liczne monety z I wieku p.n.e., które są dowodem kontaktów z cesarstwem rzymskim.
Wcześniej niż sam dzisiejszy obszar miasta zasiedlane były otaczające Limanową wsie: Łososina Górna, Pisarzowa oraz Męcina. Na początku XV wieku wzmiankowano też Mordarkę, Jabłoniec i Lipowe.
Na stoku Łysej Góry, w miejscu zwanym Kościeliskiem (pomiędzy obecnym starym Krzyżem a nieczynnym wyrobiskiem kamienia) miała znajdować się praosada Limanowej (odkryto tu resztki naczyń i narzędzi).
Wcześniej niż sam dzisiejszy obszar miasta zasiedlane były otaczające Limanową wsie: Łososina Górna, Pisarzowa oraz Męcina. Na początku XV wieku wzmiankowano też Mordarkę, Jabłoniec i Lipowe.
Na stoku Łysej Góry, w miejscu zwanym Kościeliskiem (pomiędzy obecnym starym Krzyżem a nieczynnym wyrobiskiem kamienia) miała znajdować się praosada Limanowej (odkryto tu resztki naczyń i narzędzi).
Najstarsze wzmianki o Limanowej pojawiły się około 1476 roku, jednak pierwszym nie budzącym wątpliwości przekazem o Limanowej pod nazwą "Ilmanowa" jest zapiska o podziale dóbr po Piotrze Słupskim z 1489 roku. Prawdopodobnie Piotr Słupski, który już w roku 1449 miał już części w Łososinie mógł odziedziczyć po swoich przodkach Limanową, Starą Wieś i Lipowe.
W księgach ziemskich czchowskich można znaleźć następujące zapisy dotyczące Limanowej:
1489 - w spadku po Piotrze Słupskim jego bratankowie wzięli Ilmanową, Starą Wieś, Lipowe i Męcinę,
1490 - Jan i Mikołaj Strzałowie, dla których Piotr Słupski był dziadem wujecznym, odstępuje bratankom Piotra części we wsiach m.in. Ilmanowa Nowa, Ilmanowa Stara, Lipowe i inne,
1495 - Piotr (II) Słupski zastawia Jakubowi z Lubomierza wsie Ilmanowa Nową, Ilmanowa Starą i Lipowe,
1515 - Jan i Mikołaj Słupscy sprzedają z prawem odkupu Jakubowi z Lubomierza wsie Ilmanowa Nowa, Ilmanowa Stara i Lipowe,
1527 - Słupscy sprzedają Achacemu Jordanowi swoje wsie Ilmanowa Nowa, Ilmanowa Stara, Lipowe i Wolę,
1528 - Słupscy sprzedają Jordanowi wwiązanie do dóbr Ilmanowa, Stara Wieś, Lipowe i Wola.
Władanie Limanowa przez rodzinę Słupskich trwało około wieku. Jest to okres niezwykle ważny bowiem w tym to czasie Limanowa stała się stolicą klucza i prawdopodobnie Słupscy wybudowali kościół i zorganizowali parafię.
Kościół limanowski pojawia się w źródłach dopiero w początkach XVI wieku. W roku 1513 zapisano w księdze dochodów diecezji krakowskiej, że wikary "de Ylmanowa" wywiązał się z opłat. Kolejne wzmianki pojawiają się w 1527, 1529, 1535 roku. W skład parafii w roku 1529 wchodziły: Limanowa, Lipowe, Sowliny, Mordarka, Jabłoniec oraz Stara Wieś. 10 października 1558 roku sufragon krakowski Andrzej z Pilzna dokonał konsekracji kościoła w Limanowej, poświęcając go Najświętszej Marii Dziewicy, św. Walentemu, Mikołajowi, Zofii, Wawrzyńcowi, Krzysztofowi i Cecylii. Boczny ołtarz po prawej stronie był pod wezwaniem św. Mikołaja, Krzysztofa i Katarzyny. Zaś boczny po lewej stronie miał za patronów Najświętsza Marię Pannę, św. Zofię, Stanisława, Cecylię, Apolonię i Urszulę.
W roku 1541 posiedzenia sądu leńskiego odbywały się w domu wójta Macieja Jeża. W skład sądu wchodzili wówczas jako ławnicy Jan Horus, Stanisław Siarka, Stanisław Bulanda, Maciej Zabrzych, Jakub Piszczyk, Maciej Sroka, Maciej Żebrucik. Sąd ten zajmował się głównie rozstrzyganiem sporów majątkowych między mieszkańcami klucza i zatwierdzał transakcje, których przedmiotem były sołectwa, młyny, karczmy i pola uprawne.
W Limanowej rozwijało sie już w pierwszej połowie XVI wieku rzemiosło. W latach 1541-1544 został poświadczony krawiec Stanisław Chrząszcz, który w roku 1552 dzierżawił szynk. Kolejne zapiski poświadczają w roku 1553 szewca Macieja, w 1556 kowala Macieja Nostkę, a w roku 1564 szewca Marcina i krawca Marcina.
W roku 1551 ogłoszono w Limanowej, Łącku i Barcicach zakaz omijania komory celnej w Nowym Sączu.
12 kwietnia 1565 roku na sejmie piotrkowskim, z inicjatywy Stanisława Jordana z Zakliczyna, król Zygmunt August wydał przywilej lokacyjny dla miasta Limanowa na prawie magdeburskim. Mieszkańcy otrzymali znaczącą pomoc w postaci zwolnienia od podatków państwowych na okres 30 lat.
Stanisław Jordan, założyciel miasta, wywodził się z rodziny, której gniazdem rodowym był Zakliczyn. W roku 1548 przy podziale spadkowym otrzymał kilkanaście wsi z Limanową włącznie. Około roku 1537 ożenił się z Anną z Kocmyrzowa z którą doczekał sie czterech synów: Adama, Zbożnego, Piotra i Kaspra. Z kolejną żoną - Zofią Koniecpolską - kasztelanką sieradzką miał syna Stanisława, który nie zachował w Limanowej żadnego majątku. Na dziedzica dóbr limanowskich przewidziany był drugi syn - Zbożny, który w roku 1580 otrzymał wieś Mordarkę. Według rejestrów poborowych Stanisław Jordan zachował we władaniu do roku 1593 co najmniej wsie: Limanową, Starą Wieś, Lipowe, Sowliny i Jabłoniec a obowiązki administracyjne w mieście z dzierżawą klucza limanowskiego pełnił Piotr. Piotr jako dziedzic miasta występował w latach 1587 - 1594.
Piotr Jordan ożenił się z Magdaleną Wielogłowską z Jurkowa, jednak nie doczekał się potomka i dlatego w roku 1596 panem dziedzicznym miasta został jego brat - Zbożny, właściciel Mordarki.
1 czerwca 1598 roku, Zbożny Jordan przekazał Limanową z wsiami żonie Beacie, która zarządzała majątkiem do roku 1613. Jej syn - Piotr Paweł Jordan był właścicielem miasta w latach 1614 - 1618, a po jego śmierci nowym właścicielem został jego brat Krzysztof. Wkrótce, bo już około 1623 dziedzictwo limanowskie przypadło wnukom Beaty - Stanisławowi i Auktowi Jordanom, w imieniu których zarządzał poprzez administratora do roku 1627 ich krewny Adam Jordan z Zakliczyna.
W roku 1638 ostatni dziedzice Limanowej z linii męskiej Jordanów wydzierżawili ją wraz ze Starą Wsią Mikołajowi Ujejskiemu z Rupniowa.
W roku 1639 Limanowa z przyległymi włościami przeszła w ręce Achacego Przyłęckiego z Przyłęka stolnika krakowskiego, który zarządzał tu do roku 1645. Achacy Przyłecki przyczynił sie do uporządkowania gospodarki i administracji.
W marcu 1645 roku dziedziczką miasta została Katarzyna Jordanówna, wdowa po Piotrze Brzechwie, córka Kaspra a wnuczka Stanisława Jordana. W administrowaniu majątkiem pomagali jej synowie: Piotr i Kasper. Piotr władał Limanową do roku 1653, a Kasper do roku 1666.
Kolejnym właścicielem miasta była Marianna, wdowa po Kasprze Brzechwie, która wyszła za mąż za Adama Rajskiego.
Od roku 1681 miasto należało do Hieronima Achacego Lipskiego z Lipia. W latach 1687 - 1702 Limanowa znajdowała się we władaniu Katarzyny z Sapiechów Lipskiej. Kolejnymi właścicielami byli Michał Czerny-Swarzenberg (1713), jego synowie Andrzej (1718) i Józef. W roku 1722 dzielili oni Limanową z Marianną z Brzechwów, żoną Antoniego Dembińskiego. W roku 1757 właścicielem miasta został Ignacy Dydyński, który swój majątek poszerzył tak dalece, że w latach 1773/1774 wchodziły w jego skład: Stara Wieś, Mordarka, Sowliny i Lipowe.
Rozplanowanie miasta oparte było na regułach urbanistycznych prawa niemieckiego. Główny plac miejski stanowił obszerny rynek wytyczony na planie czworoboku. Najwcześniej znano i posługiwano się pojęciem Rynku, następnie pojawiły się ulice: Szpitalna (1585 r.), Ku Dworowi - Dworska (1594 r.), Starowiejska (1622 r.), Krakowska (1616 r.), Mordarska (1621 r.), Sądecka (1626 r.). Centrum miasta otoczone było ogrodzeniem o charakterze obronnym z bramą miejską zwaną Krakowską. Wzmianka o bramie pojawia się po raz pierwszy w roku 1625, a po raz ostatni w 1718 roku.
Ważną dziedziną życia gospodarczego w dobrach limanowskich stanowiły produkcja i wyszynk trunków. Wzmianki o browarze usytuowanym przy końcu ul. Starowiejskiej zaczęły pojawiać się w księgach miejskich od roku 1614. W kolejnych latach doszło na terenie Limanowej do ożywienia produkcji i wyszynku piwa do czego przyczynił się Achacy Przyłęcki, który podstawowe zasady produkcji piwowarskiej określił w rozporządzeniu w roku 1640.
W roku 1651 Limanową nawiedza zaraza, którą mieszkańcy wspominali długie lata. Kolejne zarazy nawiedzały miasto w latach: 1708, 1710, 1733, 1736-1737. Największy pożar odnotowany w źródłach zniszczył miasto w roku 1769. Spłonęła większość domów przy Rynku i ul. Starowiejskiej oraz kościół parafialny.
Po pożarze kościoła w 1796 roku nabożeństwa celebrowano w kaplicy w Mordarce. Przed rokiem 1774 przeniesiono kaplicę z Mordarki do Limanowej wraz z figurą Matki Bożej Bolesnej. Budowę nowego kościoła podjęto od roku 1777 a konsekrowano w maju 1825 roku.
Po rozbiorach Limanowa znalazła się w cyrkule nowosądeckim. Po śmierci właściciela dóbr limanowskich Ignacego Dydyńskiego, w roku 1786, majątek został podzielony pomiędzy jego synów: Józefa i Antoniego. Miasto oraz Stara Wieś przypadły Antoniemu, a pozostałe wsie Józefowi.
W czerwcu 1787 roku na wezwanie władz zebrała sie komisja złożona z przedstawicieli gminy limanowskiej i sąsiadujących z nią wsi, w celu precyzyjnego wyznaczenia granic i zabezpieczenia ich na przyszłość usypanymi kopcami. Limanowa graniczyła wówczas na południu ze Starą Wsią, na wschodzie ze wsią Mordarka, na zachodzie z narożnikiem dóbr dworskich i ze wsią Sowliny, na północy ze wsią Skrudlak i Sarczyn. Granica ta wynosiła 7 km a obszar miasta to ponad 199 ha i było to najmniejsze miasto w obwodzie nowosądeckim.
Przejęcie administracji przez Austriaków korzystnie wpłynęło na rozwój miasta i regionu. Cesarz Franciszek potwierdził patentem z 1792 roku uprawnienia do odbywania jarmarków i targów nadane Limanowej na mocy wcześniejszych przywilejów królewskich. W roku 1799 gmina uzyskała prawo do 18 targów w roku.
W roku 1817 rozpoczęto budowę liczącego aż 714 mil tzw. traktu karpackiego mającego połączyć Morawy z Galicją Wschodnią. Przebiegał on przez Żywiec, Suchą, Jordanów, Mszanę Dolną, Tymbark, Limanową, Nowy Sącz, Grybów, Gorlice, Jasło, Krosno, Sanok, Drohobycz do Stryja. Całość traktu oddano w latach trzydziestych XIX wieku.
Poruszenie polityczne w roku 1848 nie objęło Limanowej bezpośrednio, ale nie pozostało też bez echa wśród okolicznej szlachty i miejscowej inteligencji. W roku 1848 w szeregi formowanego na Węgrzech Legionu Polskiego wstąpiło trzech mieszkańców miasta.
W trakcie powstania styczniowego okoliczna szlachta (Marszałkowicz i Józef Mars) zaangażowana była w organizację pomocy dla powstańców styczniowych w zaborze rosyjskim. Dostarczano żywność, odzież, buty, siodła, broń i amunicję. Po upadku powstania, niejaki Bogdanowski osiadł w Limanowej, chroniąc się przed represjami władz rosyjskich.
W roku 1866 utworzono powiat limanowski. W jego skład weszły dotychczasowe małe powiaty: limanowski i skrzydlański oraz gminy Kamienica, Szczawa, Zalesie, Zasadne, Zbludza, wieś Stare Rybie, Laskowa i Makowica. Od roku 1883 starostwo podzielono na dwa powiaty sądowe z siedzibami w Limanowej i Mszanie Dolnej. W Limanowej znajdował się również nadzór straży skarbowej. Sądowi Powiatowemu z siedziba w Limanowej podlegały posterunki żandarmerii w mieście oraz Kamienicy, Tymbarku i Ujanowicach. W Mszanie Dolnej mieściła się Powiatowa Kasa dla Chorych do której należała także Limanowa. W roku 1905 Rada Powiatowa utworzyła w Limanowej biuro pośrednictwa pracy, chcąc uchronić ludność poszukującą zarobku przed wyzyskiem spekulantów.
W ciągu XIX wieku Limanowa w swym wyglądzie nabierała cech charakterystycznych dla ośrodków typu miejskiego. W centrum pojawiły się domy piętrowe i murowane. W roku 1890 wykazano 229 domów. W roku 1900 było 12 domów murowanych.
W roku 1884 otwarto odcinek kolei z Nowego Sącza do Chabówki przez Limanowa. Stacje obsługiwała dwuosobowa załoga: naczelnik i ekspedytor.
W 1874 utworzono Ochotniczą Straż Pożarną, a w roku 1900 utworzono orkiestrę strażacką. W roku 1899 czterdziestu strażaków posiadało 3 sikawki.
Dużym problemem dla katolików mieszkających w Limanowej był zbyt mały kościół. Wybudowany w 1774 roku, dla około 1400 parafian, okazał się zbyt ciasny, bowiem już pod koniec XIX wieku ludność katolicka liczyła ponad 6000 osób. Odkąd Limanowa stała się siedzibą powiatu (1866 r), zaczęła się rodzić myśl o wybudowaniu nowego kościoła. Jednak dopiero, gdy proboszczem został ks. Kazimierz Łazarski sprawa budowy poszła zdecydowanie naprzód. 3 maja 1891 roku, wraz z przedstawicielami parafii zdecydował się na budowę nowego kościoła jako pomnik 100-lecia Konstytucji 3 Maja. W roku 1908 rozpisano konkurs na projekt kościoła. Spośród 23 nadesłanych projektów wybrano projekt Zdzisława Mączeńskiego. Budowę rozpoczęto w 1910 roku (roboty ziemne). Prace przerwano z początkiem lipca 1914 roku z powodu wybuch I Wojny Światowej. Dopiero na wiosnę 1916, ks. Łazarski podjął się dalszej budowy. W uroczystość Matki Bożej Różańcowej 1918 roku, gmach kościoła został poświęcony. Prace wykończeniowe trwały nadal, w 1920 wykonano kaplice, a w 1935 drogę krzyżową w formie płaskorzeźb. Uroczystej konsekracji świątyni dokonał biskup tarnowski Leon Wałęga w dniu 6 X 1921 roku.
18 września 1893 roku założono w Limanowej gniazdo "Sokoła", któremu budynek udostępnił Zygmunt Mars. W budynku urządzono niewielką salkę gimnastyczną a na terenie obok utworzono boisko do gier i zabaw. W roku 1898 w zajmowanym budynku utworzono niewielką bibliotekę i czytelnię, a w roku 1908 przystąpiono do budowy własnej sokolni, którą otwarto w 1910 roku.
W roku 1900 założono z inicjatywy Józefa Beka Towarzystwo Szkoły Ludowej, które w krótkim czasie rozbudziło zainteresowania czytelnicze wśród mieszkańców. Utworzona przy Towarzystwie biblioteka zgromadziła około 500 książek. W roku 1910 bibliotekę umieszczono w budynku obok kościoła i miała w swoich zbiorach 2800 książek.
W roku 1902 Józef Beck założył obok swego domu w Limanowej, szkółkę drzew owocowych pod nazwą "Powiatowy Zakład Sadowniczy SŁONECZNA w Limanowej". Na potrzeby zakładu Rada Powiatowa zakupiła 10 morgów ziemi oraz uzyskała pomoc finansową z różnych instytucji. Podstawowym zadaniem zakładu było hodowanie drzewek owocowych. Produkowano 27 gatunków jabłoni, 12 grusz, 7 czereśni i wiśni, 10 śliw. Najlepiej udawały się czereśnie i wiśnie. W roku 1904 drzewka uhonorowano srebrnym medalem na wystawie ogrodniczej w Krakowie. Szkółkę ostatecznie zamknięto w roku 1917, a na należących do niej gruntach miał powstać wzorcowy sad.
W 1910 z inicjatywy Józefa Becka i przy znacznym udziale Wincentego Gawrona oraz Wincentego Sułkowskiego utworzono Teatr i Chór Włościański. Reżyserem zespołu teatralnego został Teofil Szumański, a szefem chóru Józef Kiwalla. Swoje istnienie teatr zaakcentował podczas obchodów rocznic grunwaldzkiej, wystawiając 26 czerwca 1910 roku "Kościuszkę pod Racławicami". Podczas wojny teatr zawiesił działalność.
Od listopada 1918 roku do marca 1919 powiat limanowski zarządzany był przez Polski Komitet Likwidacyjny w Krakowie. W roku marcu 1919 ponownie powołano Starostwo Powiatowe w Limanowej.
Za pieniądze ze składek robotników, Związek Metalowców przy Rafinerii Nafty zakupił w roku 1923 budynek, gdzie utworzono Dom Robotniczy. Tutaj zawiązano orkiestrę dętą pod nazwą Towarzystwo Muzyczne Echo Podhala Pracowników Rafinerii Nafty w Sowlinach ad Limanowa. Założycielem orkiestry i dyrygentem był Mieczysław Mordarski.
W roku 1924 z przyczyn finansowych został zamknięty Browar Marsów.
W roku 1927 miasto wydało koncesję na prowadzenie cukierni przez Jana Kielskiego, w roku 1928 koncesję na jazdę autobusem na trasie do Krakowa, a w roku 1937 na prowadzenie kawiarni przez Fr.Mikuta.
W roku 1928 Komunalna Kasa Oszczędności w Limanowej przyznała kredyt na budowę studni, zakup sprzętu pożarniczego, budowę remizy, budowę chodników, bulwarów i brukowanie Rynku.
W roku 1931 zmieniono ul. Waleriana Zubrzyckiego na Marszałka Józefa Piłsudskiego. W spisie domów wymieniane są jeszcze następujące ulice: Krzywa Pod Górą, Kilińskiego, Ogrodowa, Kościuszki, Nowa Góra, Kręta, Nowa, Pieradzkiego (dawna Krakowska), aleje J.Becka (w Sowlinach).
W roku 1934 w powiecie było 11 gmin wiejskich, tj: Dobra, Jodłownik, Kamienica, Łukowica, Mszana Dolna (uzdrowisko), Mszana Dolna, Niedźwiedź, Sowliny (Limanowa), Skrzydlna, Tymbark, Ujanowice. Miasto Limanowa obejmowało 199 ha i liczyło 2189 mieszkańców.
W 1933 podjęto decyzję o przyłączeniu części Sowlin do Limanowej. W roku 1938 zapadła decyzja w sprawie przyłączenia całych Sowlin i części Starej Wsi, Lipowego i Mordarki.
W roku 1934 w powiecie było 11 gmin wiejskich, tj: Dobra, Jodłownik, Kamienica, Łukowica, Mszana Dolna (uzdrowisko), Mszana Dolna, Niedźwiedź, Sowliny (Limanowa), Skrzydlna, Tymbark, Ujanowice. Miasto Limanowa obejmowało 199 ha i liczyło 2189 mieszkańców.
W 1933 podjęto decyzję o przyłączeniu części Sowlin do Limanowej. W roku 1938 zapadła decyzja w sprawie przyłączenia całych Sowlin i części Starej Wsi, Lipowego i Mordarki.
W lipcu 1934 powódź wyrządziła znaczne straty w mieście i powiecie.
W roku 1936 rozpoczęto budować kanalizację i wodociągi.
W roku 1936 zamknięto Rafinerią Nafty, z kolei w 1939 otwarto Podhalańską Przędzalnie Wełny oraz Zakłady Przemysłowe Fischera.
II Wojna Światowa od pierwszych dni września dała poznać się mieszkańcom Limanowej. Już 4 września drugi batalion 1 PSP po ciężkich walkach dotarł do Limanowej. W miasteczku nie było już władz lokalnych, policji i poczty. Do miasta przybyło wielu uciekinierów i panował ogólny bałagan. W tym czasie kompania saperów, z pomocą mieszkańców, budowała umocnienia polowe na wzgórzu Lipowe oraz stawiano zapory przeciwczołgowe.
6 września Limanowa została zajęta przez wojska niemieckie. Rozpoczęła się okupacja niemiecka. Po wkroczeniu Niemców do Limanowej, nowym burmistrzem został Mieczysław Mordarski, a powiat limanowski włączony został do okupacyjnego powiatu nowosądeckiego. W Limanowej powołano Wydział Zamiejscowy Starostwa, tzw. Komisariat Krajowy.
W Limanowej powołano okupacyjny Urząd Miejski, w którym obowiązki burmistrza powierzono Peigertowi. Peigert uporządkował Rynek polecając go wybrukować (prace wykonywali Żydzi i Polacy).
W mieście został utworzony przez Niemców w byłej bednarnii w Rafinerii obóz pracy. Przebywali tam oficerowie polscy, których w listopadzie 1940 roku przewieziono do Krakowa. Po wybuchu wojny niemiecko-radzieckiej umieszczono w tym obozie jeńców sowieckich. W czerwcu 1942 roku jeńcy ci zostali przewiezieni do Rzeszy, a w pomieszczeniach obozy umieszczono ludność żydowską z likwidowanego getta w Limanowej.
W czasie okupacji również w Limanowej działało tajne nauczanie. Organizatorem w tej części powiatu był Stanisław Ceglarz, kierownik Publicznej Szkoły Powszechnej w Limanowej. Współtwórcami nauczania byli także: Franciszka Ceglarz, Antoni Bieda, ks. Jan Rachał, Józef Biedroń i inni.
Limanowa oswobodzona została w dniu 19 stycznia 1945 roku przez żołnierzy radzieckich.
W wyniku okupacji hitlerowskiej z terenu Limanowej i powiatu w latach 1939-1945 zginęło:
w kampanii 1939 roku - 124 osoby,
rozstrzelani jako zakładnicy i uczestnicy konspiracji - 472 osoby,
więźniowie obozów koncentracyjnych - 123 osoby,
zginęli na terenie III Rzeszy - 91 osób,
zginęli w czasie działań wojennych - 47,
osoby narodowości żydowskiej - 3053 osób.
Tuż po wyzwoleniu, żołnierze radzieccy szukający jedzenia i picia, zaprószyli ogień i w efekcie spłonęła jedna strona Rynku, tzw. Podcienia. W tę samą noc Sowieci również spalili dwór w Mordarce.
Tuż po wyzwoleniu, żołnierze radzieccy szukający jedzenia i picia, zaprószyli ogień i w efekcie spłonęła jedna strona Rynku, tzw. Podcienia. W tę samą noc Sowieci również spalili dwór w Mordarce.

Nieistniejący dwór w Mordarce spalony w 1945 r
na podstawie: Limanowa: dzieje miasta, pod red. Feliksa Kiryka, tom I, Wydawnictwo Secesja, Kraków, 1999