Muzeum Parafialne znajduje się w budynku Domu Pielgrzyma przy Bazylice Matki Bożej Bolesnej. Powstało w 1988 roku z inicjatywy ks. biskupa Piotra Bednarczyka i ks. prałata Józefa Poręby. Jego otwarcie nastąpiło w listopadzie 1988 roku. Pierwsze eksponaty były już gromadzone od lat 50 i 60 XX wieku przez ks. Ludwika Kowalskiego, który gromadził pamiątki związane z kultem Matki Boskiej Limanowskiej.

Podczas koronacji Piety Limanowskiej w roku 1966 urządzono na plebanii wystawę poświęconą historii kultu Piety oraz historii parafii i miasta. W późniejszych latach ks. Ludwik Kowalski i ks. Józef Poręba gromadziii zabytkowe eksponaty. Darczyńcami pamiątek, które obecnie znajdują się w Muzeum Parafialnym byli m.in.: biskup Piotr Bednarczyk, ks. Jan Rachwał, ks. Józef Ślęk, Wincenty Gawron, Walenty Gawron oraz mieszkańcy limanowszczyzny.